La armada aliada estaba formada por 70 galeras españolas (sumadas las propiamente hispanas con las de Nápoles, Sicilia, y Génova), 9 de Malta, 12 del Papado y 140 venecianas. La flota estaba confiada teóricamente a Juan de Austria y dirigida efectivamente por jefes experimentados como Gian Andrea Doria y los catalanes Juan de Cardona y Luis de Requesens. Marco Antonio Colonna, condestable de Nápoles y vasallo de España, era el almirante del papa. Las naves venecianas estaban al mando de Sebastián Veniero.La desconfianza hacia los venecianos era tal que don Juan repartió 4.000 de los mejores soldados españoles en las galeras de la Señoría e hizo que éstas navegasen entreveradas con las de España. La Sublime Puerta lanzó un ataque a fondo contra Famagusta, último reducto de los venecianos en Chipre. Fuerzas turcas se apoderaron de Dulcino, Budua y Antivari, e incluso llegaron a amenazar la plaza de Zara.
Las armadas se encuentran en el golfo de Lepanto:
Don Juan de Austria constituyó una batalla central de 60 galeras en las que iban Colonna y Veniero con sus naves capitanas, flanqueada por otras batallas menores al mando de Andrea Doria, Alvaro Bazán y al veneciano Agustín Barbarigo. A Cardona se le dio una flotilla exploradora en vanguardia. A bordo iban cuatro tercios españoles de Lope de Figueroa, Pedro de Padilla, Diego Enríquez y Miguel Moncada. La infantería italiana era también de gran calidad. El 29 de septiembre abordo a la capitana de don Juan una fragata de Gil de Andrade con el anuncio de que los turcos esperaban en el golfo de Lepanto. Bazán aconsejaba entrar en el golfo y Andrea Doria temía aventurarlo todo en una jornada. La maniobra ordenada permitió cerrar el golfo y dio tiempo a una perfecta ordenación de la armada. El Almirante Alí Bajá concentró el esfuerzo sobre las galeras venecianas, que suponía menos aguerridas. El primer ataque turco fue neutralizado por Barbarigo, que fue herido de muerte. El consejo de don García de Toledo de recortar los espolones hizo más eficaz el empleo de la artillería. La Las bajas causadas por la arcabucería española fue decisiva en el combate cuerpo a cuerpo. En muchas de las galeras turcas los cautivos cristianos se rebelaron en lo más recio del combate. Fue un galeote cristiano quien cortó la cabeza del almirante Alí con su hacha de abordaje. Sólo 50 de las 300 naves turcas pudieron escapar.Carácter decisivo de la victoria y consecuencias:
Es sabido lo laboriosa que fue la preparación de la cristiandad para enfrentarse de una forma decidida con el peligro turco. El único hombre que vio clara la situación desde el primer momento fue el papa Pío V. Incluso Felipe II, que tan amenazadas veía sus posesiones peninsulares por el enemigo, tardó mucho en convencerse de la necesidad de afrontar el peligro de frente y de asestar un golpe definitivo a los turcos. Sin embargo, y a pesar de todas las dificultades surgidas, el 7 de octubre de 1571 se dio la batalla de Lepanto, batalla que aparentemente fue una victoria total para los miembros de la Liga Santa. Sin embargo el carácter definitivo de la victoria cristiana ha sido discutido por muchos historiadores.
Pocas veces, si alguna, en la historia de los tiempos modernos, los frutos de una bella victoria han sido más vergonzosamente desperdiciados.(Merriman)
Aplazamientos, desconfianzas entre los aliados y la muerte del papa San Pío V provocaron la malversación del triunfo de Lepanto. Felipe II se sentía temeroso de un nuevo afianzamiento de la alianza francoturca; los venecianos se hallaban dispuestos, al cabo de cierto tiempo, a hacer una paz separada: si no hubiese sido por el entusiasmo de Don Juan de Austria, la Liga se habría deshecho... Pero las desconfianzas de Felipe -sus celos- hacia Don Juan de Austria, sus lentitudes características, dieron por resultado, al cabo de pocos meses, la caída de Túnez y la Goleta en poder de los turcos (1574). Así quedaba desvanecida la gloria de Lepanto. (Soldevila)
La victoria de Lepanto abría la puerta a las mayores esperanzas. Sin embargo, de momento, no trajo consigo ninguna clase de consecuencias. La flota aliada no persiguió al enemigo en derrrota, por diversas razones: sus propias pérdidas y el mal tiempo, a quien el imperio turco, desconcertado, debió tal vez su salvación. En este sentido, fue fatal la larga demora española del verano de 1571, pues, al colocar a los aliados victoriosos en los umbrales de la estación del mal tiempo, vinieron a interponerse ante la victoria, como treguas obligatorias, el otoño, el invierno y la primavera... Pero si, en vez de fijarnos exclusivamente en lo que viene después de Lepanto, paramos la atención en lo que precede a esta victoria, nos daremos cuenta de que viene a poner fin a un estado de cosas lamentable, a un verdadero complejo de inferioridad por parte de la Cristiandad y una primacía no menos verdadera por parte de los turcos. La victoria cristiana cerró el paso a un porvenir que se anunciaba muy próximo y muy sombrío. (Braudel)
